Le capitaine Malcolm Reynolds est un vétéran endurci, qui eut le tort de choisir le mauvais camp dans la guerre galactique. Les armes se sont tues, l'ordre règne sous l'autorité de l'Alliance, et Malcolm le rebelle s'est lancé dans de nouvelles aventures aux commandes du vaisseau Serenity.
A l'école des futures élites, la jeune River manifeste également une farouche indépendance d'esprit. Ses facultés télépathiques et ses dons de lutteuse inquiètent les dirigeants. Ceux-ci ont choisi de mettre l'adolescente au secret. Une équipe médicale s'efforce de modeler son esprit et de juguler ses "mauvaises tendances" par l'administration de drogues.
Lorsque son frère, Simon, l'extrait de force du Centre de Conditionnement et se réfugie avec elle à bord du Serenity, le régime confie à son meilleur limier, l'Opérateur, le soin de les neutraliser...